Puskesmas Siwalan berada di kabupaten Pekalongan dengan luas wilayah kerja 25,91 KM2. Puskesmas Siwalan memiliki cakupan wilayah kerja sejumlah 13 desa antara lain Desa Mejasem, Desa Wonosari, Desa Tengeng Wetan, Desa Tunjungsari, Desa Blimbingwuluh, Desa Pait, Desa Tengeng Kulon, Desa Rembun, Desa Yosorejo, Desa Siwalan, Desa Boyoteluk, Desa Depok dan Desa Blacanan.
Lokasi Puskesmas Siwalan berada sisi paling utara dari Kabupaten Pekalongan dengan kondisi geografis dataran rendah dan berbatasan langsung dengan Laut jawa.
Batas wilayah kerja Puskesmas Siwalan yaitu :
- Sebelah Utara : Laut Jawa
- Sebelah Timur : Kecamatan Wonokerto dan Wiradesa
- Sebelah Selatan : Kecamatan Sragi dan Bojong
- Sebelah Barat : Kabupaten Pemalang
Puskesmas Siwalan berjarak sekitar 19 km dari ibu kota kabupaten Pekalongan ke arah utara, dan + 2 km dengan Ibu kota Kecamatan. Wilayah kerja Puskesmas Siwalan dianggap strategis karena dilalui jalan nasional Pantura.